Das Oberseminar "Bioinformatik" und die Übung "Molekularbiologie im Internet" wenden sich an Student/innen der Biologie/Biochemie des 6.-10. Semesters sowie Student/innen der Bioinformatik. Die Lehrveranstaltungen werden im Rechenzentrum (Campusgelände am Weinbergweg), Raum 105 (Pool 3), durchgeführt.

In Form von Literaturseminaren werden grundlegende Vorhersage-Algorithmen zur Analyse von Sequenzdaten erarbeitet. Der Schwerpunkt der praktischen Übungen liegt in der Durchführung von Computeranalysen.

Die Lehrveranstaltungen finden während der vorlesungsfreien Zeit im September 2005 (vom 28.09.-05.10.) in Form eines einwöchigen Kompaktkurses (täglich 6 Stunden, von 8:30 Uhr bis ca. 14:30 Uhr) statt.

Teilnehmer
• Thomas Beer
• Kathrin Blank
• Markus Glaß
• Anne-Kathrin Hegewald
• Jana Junick
• Michaela Kopischke
• Antje Krüger
• Eric Melzer
• Heidi Scholze
• Steve Schulz
• Sebastian Schulze
• Eckart Stolle
• Kristin Wächter

Materialien
• Datenbanken
  • Überblick PowerPoint-File [468 K]
• Sequenzvergleiche (paarweise Alignments)
  • Überblick, Definitionen, Algorithmen PowerPoint-File [1100 K]
  • Algorithmen, scoring schemes, Ähnlichkeitsmatrizen PDF-File [529 K]
• Homologiesuche in DNA- und Protein-Datenbanken
  
  • Heuristische Algorithmen (FASTA und BLAST) PDF-File [1750 K]
• Motivsuche: Datenbank-Suche nach verwandten Proteinen anhand typischer Sequenz-Motive bzw. Sequenz-Muster
  
  • Protein-Domänen und Protein-Familien PowerPoint-File [888 K]
  • Pattern, Profile, HMM (Hidden Markov Models), PSI-BLAST PDF-File [1600 K]

  Die Materialien zum Download stammen aus verschiedenen Kursen, die in den vergangenen Jahren am EMBnet durchgeführt wurden.

Letzte Aktualisierung: 4. Oktober 2005

Ralf Koebnik
Institut für Genetik
Abt. Pflanzengenetik
Weinbergweg 10
06120 Halle/Saale
Telefon: 0345 / 55 26 293 (Büro) bzw. 296 (Labor)
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