Software im Internet:
Die Review-Zeitschriften Trends in Biochemical Sciences (Computer Corner), Trends in Genetics (Genetwork & Internet Resource) und Trends in Cell Biology (Cytobytes) berichten regelmäßig über neue Entwicklungen auf dem Gebiet elektronischer Datenbanken oder über neue Computerprogramme auf dem Gebiet der Molekularbiologie.

Ein Überblick über Software in der Molekularbiologie wird seit 2003 jährlich in der Juliausgabe der Zeitschrift Nucleic Acids Research publiziert; die dort gedruckten Beiträge bieten einen guten Einstieg in diesbezügliche Fragestellungen. Im folgenden finden sich die Artikel der letzten drei Jahre:

2003	2004	2005

Auf folgenden Internetportalen finden sich gute Zusammenstellungen molekularbiologisch relevanter Programme:
• Pedro's Biomolecular Research Tools
• Paul N. Hengen's Sammlung molekularbiologischer Internetressourcen
• Bio Netbook @ Institute Pasteur (Paris)

• Entrez-Plattform zur Datensuche am NIH (National Institute of Health)
  • Tools am NIH

• EBI: European Bioinformatics Institute
  • Tools am EBI

• EMBn@t: European Molecular Biology network

• ExPASy: Expert Protein Analysis System
  • Proteomics-Tools unter ExPASy
  • SeqAnalRef: Bibliografische Datenbank zur elektronischen Sequenzanalyse

• BCM (Baylor College of Medicine) Search Launcher
  • BCM: Nucleic Acid Sequence Searches: BLAST, WU-BLAST, BEAUTY, tRNAscan
  • BCM: General and Species-specific Protein Sequence / Pattern Searches: BLAST, WU-BLAST, BEAUTY, FASTA, BLITZ, BLOCKS, PPSEARCH, SSEARCH, MPsrch, Cognitor
  • BCM: Pairwise Sequence Alignments: SIM, ALIGN, LALIGN, BLAST2, LAP2, PGWISE
  • BCM: Multiple Sequence Alignments: Clustal, CAP, MAP, PIMA, MSA, BLOCK Maker, MEME, Match-Box
  • BCM: Gene Feature Searches: Exons and Introns, Promoters, and ORFs
  • BCM: Sequence Utilities: Restriction Mapping, Reverse Complements, Translations, Sequence Chopover, FASTA-Formatting
  • BCM: Protein Secondary Structure Prediction: Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search, SOSUI, TMpred, Coils, Paircoil, nnPredict, PSSP, SAPS, SOPM, PHDsec, PSA, Swiss-Model

• CBS Prediction Servers @ Technical University of Denmark
• SoftBerry Prediction Server at Mount Kisco, USA

• EMBOSS: European Molecular Biology Open Software Suite

Referenzen

Letzte Aktualisierung: 27. September 2005

Ralf Koebnik
Institut für Genetik
Abt. Pflanzengenetik
Weinbergweg 10
06120 Halle/Saale
Telefon: 0345 / 55 26 293 (Büro) bzw. 296 (Labor)
Fax: 0345 / 55 27 151
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